赤眉軍進了長安，聲勢浩大。可是幾十萬將士的口糧發生了困難。富商和地主趁機屯積糧食，長安天天有人餓死。這樣一來，長安的混亂局面就沒法收拾了。

　　樊崇帶著軍隊離開長安向西流亡。但是別的地方的糧食也一樣困難；到了天水（郡名，在今甘肅）一帶，又遭到那里的地主豪強的攔擊。樊崇只好又帶著大軍往東邊來。

　　漢光武帝趁著赤眉軍進長安的時候，占領了洛陽。他們一聽到赤眉軍向東轉移，就帶領二十萬大軍分兩路埋伏在那里。

　　漢光武帝派大將馮異到華陰，把赤眉兵引向東邊來。馮異用計把一隊赤眉軍包圍在崤山下。他下了戰書，跟赤眉軍約定時間和地點決戰。老實的樊崇不知道敵人的計策，派了一萬多赤眉軍發動進攻。馮異先派出少數兵士對敵。赤眉軍看見漢兵人少，就全軍出擊。沒想到馮異的伏兵上來了，打扮得和赤眉軍一模一樣，雙方混戰在一起，分不出誰是赤眉兵，誰是漢兵。

　　赤眉軍正在為難的時候，打扮成赤眉軍的漢兵高聲叫嚷著“投降！”“投降！”赤眉軍兵士一看有那么多人喊投降，沒了主意。軍心一亂，這一支赤眉軍就被繳了武器。

　　公元２７年１月，樊崇帶著剩下的赤眉軍向宜陽（今河南宜陽縣）方向轉移。馮異火速派人報告漢光武帝。漢光武帝親自率領預先布置好的兩路人馬截擊，把赤眉軍圍困起來。到了這步田地，樊崇只好派人向漢光武帝求和。

　　漢光武帝把劉盆子他們帶回洛陽，給他們田地房屋，讓他們留在洛陽。但是不到幾個月，就加上謀反的罪名，把樊崇殺害。