打那以后，左光斗和史可法建立了親密的師生關系。史可法家里貧窮，左光斗要他住進官府，親自指點他讀書。有時候，左光斗處理公事到深更半夜，還跑到史可法的房間里，兩人興高采烈地討論起學問來，簡直不想睡覺。

　　左光斗和楊漣一心一意想整頓朝政，但是明熹宗是個昏庸透頂的人。他寵信一個很壞的宦官魏忠賢，讓魏忠賢掌握特務機構東廠。魏忠賢憑借手中的特權，結黨營私，賣官受賄，干盡了壞事。一些反對東林黨的官僚就投靠魏忠賢，結成一伙，歷史上把他們稱做“閹黨”（閹音ｙāｎ，指太監）。楊漣對閹黨的胡作非為氣憤不過，大膽上了一份奏章，揭發魏忠賢二十四條罪狀。左光斗也大力支持他。

　　這一來可捅了漏子。公元１６２５年，魏忠賢和他的閹黨勾結起來攻擊楊漣、左光斗是東林黨，羅織罪狀，把他們打進大牢，嚴刑逼供。

　　左光斗被捕以后，史可法急得不知怎么辦才好。他每天從早到晚，在牢門外轉來轉去，想找機會探望老師。可閹黨把左光斗看管得很嚴密，不讓人探望。

　　左光斗在牢里，任憑閹黨怎樣拷打，始終不肯屈服。史可法聽說左光斗被折磨得快要死了，不顧自己的危險，拿了五十兩銀子去向獄卒苦苦哀求，只求見老師最后一面。

　　獄卒終于被史可法的誠意感動了，想辦法給史可法一個探監的機會。當天晚上，史可法換上一件破爛的短衣，扮著撿糞人的樣子，穿著草鞋，背著竹筐，手拿長鏟，由獄卒帶領著進了牢監。

　　史可法找到左光斗的牢房，只見左光斗坐在角落里，遍體鱗傷，臉已經被燒得認不清，左腿腐爛得露出骨頭來。史可法見了，一陣心酸，走近前去，跪了下來，抱住左光斗的腿，不斷地抽泣。

　　左光斗滿臉是傷，睜不開眼，但是他從哭泣聲里聽出史可法來了。他舉起手，用盡力氣撥開眼皮，憤怒的眼光像要噴出火來。他罵著說：“蠢才！這是什么地方，你還來干什么！國家的事糟到這步田地。我已經完了，你還不顧死活地跑進來，萬一被他們發現，將來的事靠誰干？”

　　史可法還是抽泣著沒完。左光斗狠狠地說：“再不走，我現在就干脆收拾了你，省得奸人動手。”說著，他真的摸起身邊的鐐銬，做出要砸過來的樣子。

　　史可法不敢再說話，只好忍住悲痛，從牢里退了出來。

　　過了幾天，左光斗和楊漣等終于被魏忠賢殺害。史可法又花了一筆錢買通獄卒，把左光斗的尸體埋葬好了。他想起牢里的情景，總是情不自禁落下眼淚，說：“我老師的心腸，真是鐵石鑄成的啊！”