然而，當(dāng)時(shí)勢(shì)力強(qiáng)大的教會(huì)反對(duì)哥白尼的“日心說(shuō)”。他們認(rèn)為地球是宇宙的中心，太陽(yáng)是圍繞地球轉(zhuǎn)動(dòng)，而地球是不動(dòng)的。因此教會(huì)在１６１６年給伽利略下了一道禁令，不準(zhǔn)講授哥白尼的學(xué)說(shuō)。伽利略為此煩惱不已。１６２３年，伽利略冒險(xiǎn)開(kāi)始他最有名的著作——《關(guān)于兩種世界體系之間的對(duì)話》的寫作。

　　同時(shí)他６次請(qǐng)求教皇烏爾班接見(jiàn)他。他小心翼翼地向教皇介紹哥白尼學(xué)說(shuō)的書籍，教皇同意他把對(duì)“日心說(shuō)”贊成和反對(duì)的論點(diǎn)一起寫出來(lái)，但不允許他得出地球是繞著太陽(yáng)旋轉(zhuǎn)的結(jié)論。隨后的６年時(shí)間里，他完成了他的杰作。在書中他巧妙地闡明了自己支持哥白尼學(xué)說(shuō)的證據(jù)，而反對(duì)哥白尼“日心說(shuō)”的人的辯解卻愚蠢而無(wú)力。伽利略把哥白尼的學(xué)說(shuō)當(dāng)作“一種純數(shù)學(xué)假說(shuō)來(lái)敘述”。

　　１６３２年，這本書得到了教會(huì)監(jiān)察吏的許可后出版發(fā)行。但是，教會(huì)的權(quán)威人士很快就發(fā)現(xiàn)了伽利略仍在支持哥白尼的“日心說(shuō)”，于是便一次又一次地把他押上宗教法庭。當(dāng)時(shí)的伽利略已年近七旬，身患重病，體質(zhì)虛弱。在宗教法庭上，他的精神和肉體受盡了折磨。１６３３年６月２２日，他被迫雙膝跪地發(fā)誓，哥白尼的理論純碎是一派胡言亂語(yǔ)。他要“放棄、詛咒、痛恨”過(guò)去的種種錯(cuò)誤，并保證以后永不宣傳和談到它，違犯了甘愿受死。伽利略剛宣布完他的誓言，就大聲喊道：“不管怎么說(shuō)，地球畢竟是在運(yùn)動(dòng)著的”。

　　這說(shuō)明伽利略并沒(méi)有放棄自己所堅(jiān)持的學(xué)說(shuō)。伽利略被判處終身監(jiān)禁，監(jiān)外執(zhí)行。但他沒(méi)有放棄科學(xué)，經(jīng)過(guò)３年的頑強(qiáng)拚博，他又完成了一部巨著《關(guān)于力學(xué)和位置運(yùn)動(dòng)的兩種新科學(xué)的對(duì)話和數(shù)學(xué)證明》。在書中，他大膽敘述了物體的各種運(yùn)動(dòng)和動(dòng)力學(xué)有關(guān)的一些問(wèn)題，為近代實(shí)驗(yàn)科學(xué)的發(fā)展，開(kāi)辟了廣闊的道路。這部書被偷運(yùn)到荷蘭出版時(shí)，伽利略已雙目失明。伽利略的晚年境遇極為凄涼，只有他的女兒在他身邊照料他。

　　１６３４年他的女兒先他而死，他更加孤獨(dú)和痛苦。１６４２年１月８日這位終身為科學(xué)真理而斗爭(zhēng)的偉大巨人含冤離開(kāi)了人世。１９８３年，羅馬教會(huì)終于為伽利略冤案公開(kāi)平反，為此在羅馬成立了一個(gè)由不同宗教信仰的著名科學(xué)家組成的委員會(huì)，它的宗旨是：“研究科學(xué)同宗教信仰的關(guān)系，伽利略案件的科學(xué)方面以及伽利略學(xué)說(shuō)對(duì)現(xiàn)代科學(xué)的貢獻(xiàn)。”