１８３２年２月底，“貝格爾”號到達(dá)巴西，達(dá)爾文上岸考察，向船長提出要攀登南美洲的安第斯山。艦長吃了一驚，急忙說道：“這山又高又長，您怎么走得過去？”“我就是要走前人沒走過的路！”達(dá)爾文堅(jiān)定地說道。艦長被他的精神所感動，答應(yīng)了他的要求，為了安全起見，又派了向?qū)Ш万咇R一同前往。當(dāng)他們撲到海拔４０００多米的高山上時，達(dá)爾文意外地在山頂上發(fā)現(xiàn)了貝殼化石。達(dá)爾文非常吃驚，他心中想到：“海底的貝殼怎么會跑到高山上了呢？”經(jīng)過反復(fù)思索，他終于明白了地殼升降的道理。心中異常激動地說道：“看來，這條高大的山脈地帶，在億萬年前，原來是一片大海洋啊！”達(dá)爾文抑制不住內(nèi)心的激動，帶領(lǐng)大家一直往上爬去。到了安第斯山的最高峰，達(dá)爾文忽覺心胸開朗了許多。他俯瞰山下，突然發(fā)現(xiàn)山脈的兩邊，植物的種類并不相同。再仔細(xì)一看，即使同一種類，樣子也相差很遠(yuǎn)。它們?yōu)槭裁磿�有明顯的差別呢？達(dá)爾文腦海中一陣翻騰，對自己的猜想有了更進(jìn)一步的認(rèn)識：“物種不是一成不變的，而是隨著客觀條件的不同而相應(yīng)變異！”

　　后來，達(dá)爾文又隨船橫渡太平洋，經(jīng)過澳大利亞，越過印度洋，繞過好望角，于１８３６年１０月回到英國。在歷時五年的環(huán)球考察中，達(dá)爾文積累了大量的資料。回國之后，他一面整理這些資料，一面又深入實(shí)踐，同時，查閱大量書籍，為他的生物進(jìn)化理論尋找根據(jù)。

　　１８４２年，他第一次寫出《物種起源》的簡要提綱。１８５９年１１月達(dá)爾文經(jīng)過２０多年研究而寫成的科學(xué)巨著《物種起源》終于出版了。在這部書里，達(dá)爾文旗幟鮮明地提出了“進(jìn)化論”的思想，說明物種是在不斷的變化之中，是由低級到高級、由簡單到復(fù)雜的演變過程。

　　這部著作的問世，第一次把生物學(xué)建立在完全科學(xué)的基礎(chǔ)上，以全新的生物進(jìn)化思想，推翻了“神創(chuàng)論”和物種不變的理論。《物種起源》是達(dá)爾文進(jìn)化論的代表作，標(biāo)志著進(jìn)化論的正式確立。

　　《物種起源》的出版，在歐洲乃至整個世界都引起轟動。它沉重地打擊了神權(quán)統(tǒng)治的根基，從反動教會到封建御用文人都狂怒了。他們?nèi)浩鸸ブ�，誣蔑達(dá)爾文的學(xué)說“褻瀆圣靈”，觸犯“君權(quán)神授天理，”有失人類尊嚴(yán)。

　　與此相反，以赫胥黎為代表的進(jìn)步學(xué)者，積極宣傳和捍衛(wèi)達(dá)爾文主義。指出：進(jìn)化論轟開了人們的思想禁錮，啟發(fā)和教育人們從宗教迷信的束縛下解放出來。

　　緊接著，達(dá)爾文又開始他的第二部巨著《動物和植物在家養(yǎng)下的變異》的寫作，以不可爭辯的事實(shí)和嚴(yán)謹(jǐn)?shù)目茖W(xué)論斷，進(jìn)一步闡述他的進(jìn)化論觀點(diǎn)，提出物種的變異和遺傳、生物的生存斗爭和自然選擇的重要論點(diǎn)，并很快出版這部巨著。晚年的達(dá)爾文，盡管體弱多病，但他以驚人的毅力，頑強(qiáng)地堅(jiān)持進(jìn)行科學(xué)研究和寫作，連續(xù)出版了《人類的由來》等很多著作。

　　１８８２年４月１９日，這位偉大的科學(xué)家因病逝世，人們把他的遺體安葬在牛頓的墓旁，以表達(dá)對這位科學(xué)家的敬仰。