１９３５年，英國國王批準(zhǔn)印度政府法，印度有１１省開始享有自治權(quán)。真納高興地結(jié)束了他在倫敦的生活，返回印度，領(lǐng)導(dǎo)“穆盟”。接著，印度進(jìn)行大選，國大黨獲得多數(shù)票。國大黨領(lǐng)導(dǎo)人堅(jiān)持一黨組織內(nèi)閣，拒絕與“穆盟”合作。在這種情況下，真納感到必須建立獨(dú)立的伊斯蘭國家。

　　１９４０年３月，真納主持召開“穆盟”年會(huì)，通過了著名的《巴基斯坦決議》，要求伊斯蘭教徒聚居的省份脫離印度，建立一個(gè)伊斯蘭國家。這個(gè)決議得到大多數(shù)伊斯蘭教徒的擁護(hù)。真納也成為他們公認(rèn)的領(lǐng)袖。而一些反對(duì)他的組織，則向他發(fā)出了死亡威脅。幾天之內(nèi)，向他發(fā)出電報(bào)信件５０余封，揚(yáng)言要除掉他。真納一笑置之，不予理會(huì).

　　１９４３年７月的一天，孟買真納住處附近出現(xiàn)了一個(gè)鬼鬼祟祟的青年，這是反對(duì)組織派來的刺殺真納的殺手。他仔細(xì)觀察了四周環(huán)境，選擇了最佳行動(dòng)時(shí)間，藏好了利刃，向真納住所大門走去。他向守門人行過禮，提出要見見真納。秘書告訴他真納現(xiàn)在很忙。他沒有說話，徑直向真納房間走去。房門一開，正要外出的真納與刺客打了個(gè)照面。刺客揮拳擊向真納左頰，真納不由自主向后一仰。就在這一剎那間，刺客從腰間拔出刀子，向真納刺去。

　　受到突然一擊的真納并沒有失去控制，他見刀光一閃，馬上揚(yáng)手抓向刺客手腕。受到阻擋的刀鋒只劃傷了真納的下頦。刺客繼續(xù)揮刀刺來，真納手臂又挨了數(shù)刀。聞聲而動(dòng)的人們，蜂擁上前奪下了刺客的刀子，把他扭送到了警方。盡管受到這樣的威脅，真納爭(zhēng)取建立巴基斯坦國的信念并沒有動(dòng)搖。他繼續(xù)竭盡全力，為此奮斗。

　　１９４２年２月，英國政府宣布給予印度完全獨(dú)立，不久，新任印度總督蒙巴頓宣布了《印度獨(dú)立法》，實(shí)行印、巴分治。這樣，才解決了國大黨與“穆盟”爭(zhēng)執(zhí)多年未能解決的問題。在真納的領(lǐng)導(dǎo)下，“穆盟”很快批準(zhǔn)了分治方案，開始組織政府，同年８月７日，巴基斯坦制憲會(huì)議召開，真納以主席身份，向到會(huì)代表宣布道：“你們自由了！你們可以自由地到廟宇去，到清真寺去，或者到這個(gè)巴基斯坦國家任何其他做禮拜的地方去！不論你們屬于什么宗教、種姓或信仰，都毫不妨礙我們都是同一國家的公民，而且是平等公平這一基本原則！”

　　８月１４日，真納在他誕生的故鄉(xiāng)卡拉奇宣誓就任巴基斯坦自治領(lǐng)首任總督。他的頭上飄揚(yáng)著他和總理制定的巴基斯坦國旗。旗上３D４是綠色，代表著穆斯林；１D４是白色，代表著少數(shù)民族。巴基斯坦國建立后，真納更加辛勤地工作，處理著國內(nèi)外各種事務(wù)。

　　終于積勞成疾，不幸染上了肺結(jié)核，１９４８年９月的一天夜晚，真納告別了人世。１９５６年，巴基斯坦國改稱巴基斯坦伊斯蘭共和國，１９７１年，印度與巴基斯坦發(fā)生戰(zhàn)爭(zhēng)，東巴基斯坦分裂成立孟加拉國。

　　第二年，西巴基斯坦最終脫離英聯(lián)邦。