這些過去的受壓迫者尤其憎恨唐朝官吏，“得者皆殺之”。唐宰相豆盧、崔沆以及左仆射于琮、右仆射劉鄴、太子少師裴諗、御史中丞趙、刑部侍郎李、京兆尹李湯由于來不及跟從唐僖宗出逃，留在長安，躲藏在民間，被黃巢軍搜獲，全部被殺死。唐廣德公主也在其中，她說：“我是唐帝室之女，誓與于仆射同死!”抓住行刑隊的刀不放手，被黃巢軍一并殺死。黃巢軍又發掘盧攜的墳墓，將他的尸體放于街市砍殺。唐左金吾大將軍張直方雖然投降于黃巢，也被黃巢處死。義軍還瘋狂搶掠豪族財產，曰之為“淘物”，并勒令富室之人不準穿鞋，一律赤足行走，黃巢還下令嚴懲李唐皇族成員，唐皇族留居長安者幾無遺類，全被殺光。

　　看到義軍的所作所為，有人在長安尚書省都堂官府大門上涂寫詩句，嘲弄黃巢軍，大將尚讓見后勃然大怒，將當時在尚書省的官員和守門的士兵，全部挖去眼睛，頭足倒懸掛于門前；又于長安城中大肆搜索能寫詩的人，抓到的全部殺死，凡認識字的人均罰作賤役，所殺總計有三千余人。

　　由于黃巢軍隊的這些暴行，在唐軍第一次反攻長安時，“坊市民喜，爭歡呼出迎官軍，或以瓦礫擊賊，或拾箭以供官軍。”黃巢很快退走。但唐軍進城后，也像盜賊一樣趁火打劫，“入第舍，掠金帛、妓妾”，于是黃巢趁機反攻，第二次攻陷了長安。進城之后，黃巢對長安居民幫助官軍感到極為憤怒，于是縱兵進行屠殺，長安城血流成河，稱之為“洗城”。

　　就在黃巢報復長安居民之時，唐軍再次反攻，將長安團團圍困。平民百姓為避戰亂都逃入深山，修筑柵欄進行自衛，以致農事全都荒毀，長安城中一斗米值三十緡錢。黃巢部下只好賣人給官軍以獲取糧食，有的官軍也收捕山寨貧民來賣錢，每人值數百緡錢，雙方進行交易時竟“以肥瘠論價”。

　　最后，當唐軍第二次攻入長安，黃巢見事不可為，于是惱羞成怒的他在離開前為這個城市做了最后一件事，“焚宮室遁去”，偌大的長安城，一時火光滔天，支離破碎，只有殘垣斷壁還保留有昔日雄偉的影子。從此，長安再也不是帝國的都城了。宋朝開國皇帝趙匡胤在選擇京師的時候，西望長安，也不得不深深嘆息：這個盛名超過了歷史上任何政治中心的城市，在歷經了千萬殺戮后，再也沒有成為京都的可能。

　　食百姓

　　退出了長安的黃巢，上演了最后的瘋狂。

　　黃巢派驍將孟楷進攻陳州，哪知陳州刺史趙犨早有準備，乘孟楷不備之時，派精兵全力出擊。孟楷猝不及防，所率的一萬人馬竟然全軍覆沒，孟楷本人也被俘殺死。孟楷是黃巢的愛將，頗得黃巢歡心。黃巢聽說孟楷戰死后，怒火中燒，立即集中所有的兵力，猛烈攻打陳州，“掘塹五重，百道攻之”，誓為孟楷報仇。這一圍，就是三百余日。

　　在圍攻陳州的過程中，黃巢制造了人類歷史上最血腥、最獸性的一幕。《舊唐書》記載，“賊圍陳郡三百日，關東仍歲無耕，人餓倚墻壁間，賊俘人而食，日殺數千。賊有舂磨砦，為巨碓數百，生納人于白碎之，合骨而食，其流毒若是。”于是，我們眼前就出現了這樣悲慘的一幕：由于缺糧，數百巨碓同時開工，成為供應軍糧的人肉作坊，流水作業，日夜不輟，活生生的大批鄉民，無論男女，不分老幼，悉數被納入巨舂，頃刻磨成肉糜。陳州四周的老百姓吃光了，為了擴大原料供應來源，黃巢“縱兵四掠，自河南、許、汝、唐、鄧、孟、鄭、汴、曹，徐、兗等數十州，成被其毒。”這種“敲骨吸髓”食人方式之野蠻、殘酷、恐怖和駭人聽聞，在整個人類歷史上都罕見。

　　這時的黃巢已經是魔鬼、是畜牲。像黃巢以人肉為軍糧的惡行，絕非一般意義的戰場上的較量，而是滅絕人性的屠殺。而以令人發指的程度來看，無論是黃巢以前的朱粲(隋末割據軍閥)，用二百石銅鐘煮人肉，還是黃巢以后的秦宗權(黃巢部將)，腌制人尸作為軍糧，都比不上黃巢的殘暴和變態。

　　若要滅亡，必先瘋狂。面對團團圍住自己的唐軍，已經瘋狂到極點的黃巢，離覆沒不遠了。

　　中和四年(884年)五月，突然連續下起大雨，平地水深三尺，河水暴漲，四處流溢，黃巢所筑的營壘被洪水沖垮。黃巢見大勢已去，只好舍棄了圍困三百天的陳州。之后短短一個月中，黃巢的軍隊便被唐軍打垮了。六月十五日，朱溫和李克用追至山東瑕丘，黃巢與唐軍“殊死戰，其眾殆盡”，落得個全軍覆沒的下場。

　　從此，黃巢就告別了中國的歷史舞臺。