１８６０年１２月，南方的南卡羅來納州首先宣布脫離聯邦而獨立，接著密西西比、佛羅里達等蓄奴州也相繼脫離聯邦。１８６１年２月，他們宣布成立一個“美利堅邦聯”，推舉大種植園主杰弗遜·戴維斯為總統，還制定了“憲法”，宣布黑人奴隸制是南方聯盟的立國基礎：“黑人不能和白人平等，黑人奴隸勞動是自然的、正常的狀態。”

　　１８６１年４月１２日，南方聯盟不宣而戰，迅速攻占了聯邦政府軍駐守的薩姆特要塞。林肯不得不宣布對南方作戰。林肯本人并不主張用過激的方式廢除奴隸制，他認為可以用和平的方式，先限制奴隸制，然后逐步加以廢除，而關鍵是維護聯邦的統一。在這種思想的支配下，北方政府根本沒有進行戰爭的準備，只是倉促應戰，而南方則是蓄謀已久，有優良的裝備和訓練有素的軍隊，所以，盡管北方在多方面都占有優勢，還是被南方打得節節敗退，連首都華盛頓也險些被叛軍攻破。北方在戰場上的失利引起了廣大人民的強烈不滿，許多城市爆發了示威游行，要求政府采取措施扭轉戰局。這時林肯才意識到，要想打贏這場戰爭，就必須調動農民的積極性，廢除農奴制、解放黑奴。

　　１８６２年５月，林肯簽署了《寶地法》，規定每個美國公民只交納１０美元登記費，便能在西部得１６０英畝土地，連續耕種５年之后就成為這塊土地的合法主人。這一措施從根本上消除了南方奴隸主奪取西部土地的可能性，同時也滿足了廣大農民的迫切要求，大大激發了農民奮勇參戰的積極性。

　　１８６２年９月，林肯又親自起草了《解放黑奴宣言》草案。

　　１８６３年１月１日正式頒布了《解放黑奴宣言》，宣布即日起廢除叛亂各州的奴隸制，解放的黑奴可以應召參加聯邦軍隊。宣布黑奴獲得自由，從根本上瓦解了叛軍的戰斗力，也使北軍得到雄厚的兵源。內戰期間，直接參戰的黑人達到１８．６萬人，他們作戰非常勇敢，平均每三個黑人中就有一人為解放事業獻出了生命。這兩個法令的頒布是南北戰爭的轉折點，戰場上的形勢變得對北方越來越有利了。

　　１８６３年７月１日到３日，雙方在華盛頓以北的葛提斯堡展開了內戰以來規模最大的一次戰斗。雙方激戰了三天三夜，北軍重創南軍，使南軍損失了３．６萬人，從此北軍開始進入反攻，而南軍只有防守了。這年的７月４日，北軍又在維克斯堡大獲全勝。維克斯堡位于密西西比河上，是一個高出水面２００英尺的懸崖，據守懸崖的叛軍居高臨下，可以用炮火直接威脅河上來往的船只。如果從下面攻打這個要塞非常困難。

　　早在１８６２年末，格蘭特就率軍在海軍的協助下幾次攻打這個要塞，但都沒成功。

　　１８６３年４月，格蘭特實行了新的進攻計劃，先摧毀了要塞周圍的各個據點，然后包圍了維克斯堡。海軍也來助戰，從陸地和水上同時進攻，猛烈炮擊要塞，震耳欲聾的炮聲一直響了４７天之久。７月４日，困守要塞的叛軍彈盡糧絕，被迫投降，北軍這一次俘虜叛軍２．９萬人。緊接著，北方軍隊以秋風掃落葉之勢，迅猛追擊叛軍，１８６３年４月３日攻占了叛軍首都里士滿。

　　４月９日，叛軍總司令羅伯特·李率殘部２．８萬人在阿波馬托克斯小村向格蘭特投降。歷時四年的南北戰爭以北方的勝利而告終。南北戰爭被稱為繼獨立戰爭之后的美國第二次革命。林肯成為黑人解放的象征。但奴隸主卻對他萬分仇恨。

　　１８６５年４月１４日晚上，林肯在華盛頓的福特劇院里看戲時，被南方奴隸主收買的一個暴徒刺殺。林肯的不幸逝世引起了國內外的巨大震動，美國人民深切哀悼他，有７００多萬人停立在道路兩旁向出殯的行列致哀，有１５０萬人瞻仰了林肯的遺容。

　　林肯是一位杰出的政治家，為推動美國社會向前發展做出了巨大貢獻，受到美國人民的崇敬，在美國人的心目中，他的威望甚至超過了華盛頓。